U svijetu ima mnogo ugroženih biljnih vrsta. Jedne od najpoznatijih su velebitska degenija, hrvatska sibireja, pasji trn, kockavica, tisa i mnoge druge vrste.
Velebitska degenija (lat. Degenia velebitica), endemska je biljka iz porodice Brassicaceae. Strogo zaštićena vrsta, simbol Velebita i Hrvatske, nalazi se na kovanici od 50 lipa. Najrjeđa biljka u Hrvatskoj. Pojavljuje se na velebitskim planinskim točilima, ali i u pukotinama stijena. Na popisu je zaštićenih biljnih vrsta. Zaštitni je znak izuzetno bogate velebitske flore.
Hrvatska sibireja (lat. Sibiraea) u Hrvatskoj je rijetka, i pogrešno se smatra endemom. Rod se sastoji od nekoliko priznatih vrsta (4), i jedne čiji status još nije riješen. Javlja se kao grm od 2 do 5 metara visine koji raste po kamenim obroncima i pukotinama stijena na višim nadmorskim visinama.
Pasji trn je glacijalni relikt koji nastanjuje šljunkovite i pješčane riječne sprudove (dine) u sastavu zajednice Hippophao-Berberidetum Moor 1958. Prirodno je bio rasprostranjen u Međimurju i u Podravini, međutim tijekom prve polovice 20. stoljeća nije bilo nikakvih novih podataka o rasprostranjenosti pasjeg trna u Hrvatskoj.
Kockavica biljni je rod iz porodice ljiljanovki, jednosupnica koja nastanjuje izvantropska područja sjeverne polutke Zemlje. U Hrvatskoj se pojavljuje na prostorima srednje, sjeveroistočne i istočne Hrvatske, a poznato je i nekoliko izoliranih nalazišta s Velebita. U svijetu je poznato preko 100 vrsta, a u Hrvatskoj samoniklo rastu tri vrste. Na vlažnim nizinskim livadama raste ugrožena vrsta obična kockavica, koja je zakonom zaštićena. Gorska kockavica i vitka kockavica rastu na gorskim travnjacima.
Tisa kao šumska samonikla vrsta u Hrvatskoj ima status kritično ugrožene vrste i strogo je zaštićena temeljem Zakona o zaštiti prirode, a njezin je broj u stalnom opadanju. U brdskim predjelima sjeverozapadne Hrvatske nalazimo je u šumskoj zajednici lipe i tise koja prelazi i u zajednicu panonske bukovo-jelove šume s vlasuljom i brdske bukove šume.